多克隆抗体（polyclonal antibody, pAb）是在免疫动物中使用具有多种抗原决定簇的抗原，从而刺激多个B细胞克隆，产生针对不同抗原表位的多种抗体。所获得的免疫血清实际上是多种抗体的混合物，即多克隆抗体。而单克隆抗体则是由单一B细胞克隆产生，具有高度均一性，仅针对特定抗原表位。这类抗体通常采用杂交瘤技术制备，基于对细胞融合技术的应用，将具备分泌特异性抗体能力的致敏B细胞与具有无限增殖能力的骨髓瘤细胞融合形成B细胞杂交瘤。

单克隆抗体与多克隆抗体的优缺点

多克隆抗体的优点

1. 多克隆抗体能够放大低表达水平的靶蛋白信号；

2. 可识别多个表位；

3. 对抗原中的微小变化具有更好的容忍性；

4. 能识别与免疫原蛋白质高同源性的蛋白，或从非免疫原物种的组织样品中筛选靶蛋白；

5. 多克隆抗体通常是检测变性蛋白质的首选；

6. 多表位的识别通常可以提供更强的检测能力。

多克隆抗体的缺点

1. 易产生批次间差异；

2. 可能产生大量非特异性抗体，在某些应用中可能导致背景信号；

3. 不适用于探测抗原特定的结构域，因抗血清通常能识别多个结构域。

单克隆抗体的优点

1. 杂交瘤一旦建立，就成为恒定的再生源，所有批次均相同；

2. 切片和细胞染色所造成的背景较低；

3. 具有高特异性，适合用于分析测定中的一抗或检测组织中的抗原，通常背景染色显著较低；

4. 同质性非常高；

5. 单克隆抗体的特异性使其能够高效结合混合物中的抗原。

单克隆抗体的缺点

1. 尽管能产生大量特异性抗体，但可能特异性过强；

2. 经化学处理的抗原较多克隆抗体更容易丧失表位，这可以通过使用同一抗原的多个单克隆抗体进行补偿。

单抗与多抗的选择

当对抗体的特异性要求较高，且需要大剂量或长期使用一致抗体，且应用需求多样（如WB/IP/IF/ICC等），建议选择制备单克隆抗体。相对而言，多克隆抗体特异性较差，且不同批次间会存在差异，因而在特异性和一致性上存在较大限制。因此，使用多克隆抗体进行免疫检测时，更容易出现背景问题，如WB中的杂带或IHC中的背景较深等。尽管存在交叉反应的问题，但由于多克隆抗体能识别多个抗原表位，即便少数抗原表位遭到破坏或抗原构象发生变化，实验结果通常不会受到显著影响。此外，由于多克隆抗体需要较多免疫原，如果免疫原难以制备，则建议选用单克隆抗体。

若对抗体的特异性要求不高，只需进行沉淀和凝集反应的检测性实验或仅进行ELISA检测，则可以选择多克隆抗体。相较于单克隆抗体，多克隆抗体的制备时间较短，首次制备成本低，在某些情况下是一种可行的选择。此外，在相同条件下使用多克隆抗体可提高检测灵敏度，对于丰度较低的蛋白更容易检出。

抗原的选择

抗原选择可涉及天然蛋白、重组可溶蛋白、重组变性蛋白及多肽。抗原质量越高，最终制备高质量抗体的可能性也越大。目前，抗体制备通常采用重组蛋白或多肽作为抗原。重组蛋白作为抗原往往赋予更多抗原决定簇，既有空间表位，也有线性序列表位，对于免疫系统的刺激也更加充分，从而大大提高获取广泛应用抗体的几率。尤其在目标蛋白已证实有修饰或结构复杂的情况下，通常优先选择重组蛋白。

当然，某些情况下必需使用多肽制备，例如针对同源家族某一蛋白的抗体制备，需找到特异性氨基酸合成多肽，或针对某些修饰的抗体，需要在多肽合成阶段定点修饰特定氨基酸。

抗原多肽的选择一般遵循以下原则：1. 尽可能选择位于蛋白表面的序列；2. 确保该段序列不形成α-helix；3. N、C端的肽段优于中间肽段；4. 避免重复或接近重复的序列；5. 避免同源性过高的肽段；6. 若需交联，应选择对产生抗体影响较小的一端；7. 选择序列中不应有过多的脯氨酸（Pro），但一两个脯氨酸有助于提高肽链的结构稳定性，有利于产生特异性抗体。

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